１箇月の変形労働時間制を採用した場合の残業についてはどうのうに解釈すればよいのでしょうか？

１箇月単位の変形労働時間制を採用した場合に時間外労働となるのは次の時間です。

①１日については、労使協定又は就業規則で８時間を越える時間を越える時間を定めた日はその時間。考　え方は、定めた日を１０時間労働とした場合、１１時間の労働になったときは１時間の時間外労働となるということです。尚、定めた日以外は１日８時間を越えて労働した時間となります。

残業手当を付けるのは、１日８時間を超えるときですか。それとも、週で４０時間を超える分ですか？

時間外労働に対して残業手当を支払うご質問ですが、１日８時間を超えた分に対して支払い、それ以上に週労働時間が４０時間を越えた部分が多ければその越えた部分も対象になります。例えば、１週間中に８時間を越えて働かせた時間の合計が５時間で、週労働時間が４４時間であれば５時間に対して残業手当を支払うことになります。

社員でなくアルバイト契約の場合も、有給休暇はありますか。その場合は、週何時間労働からですか？

労働基準法では正社員、アルバイト、パートタイマー、嘱託社員等その会社での地位や身分を問わず全て『労働者』としています。アルバイトだから労働基準法で定められている有給休暇は関係ないということにはなりません。

営業社員に対して、残業代として一律の基本給以外に手当を支払っています。残業代は当社のように「みなし残業手当」とすることは問題ないでしょうか？

みなし残業手当というものは法的に存在しません。
労働基準法では「みなし労働時間」という概念は存在しますが、これは一定の要件を満たす場合に所定労働時間を労働したものとみなすというもので、所定労働時間外の時間外労働に対して適用されるものではありません。
時間外労働分は割増賃金の対象として、実際の労働時間に対して計算しなければなりません。

退職前にまとめて年次有給休暇を請求して、引継ぎができない情況になりそうです。この場合、年次有給休暇を買い取ることはできるのでしょうか？

この場合、年次有給休暇の買い取りは労働基準法違反となります。
年次有給休暇は労働者の権利です。従って、請求された場合には原則として拒否することができません。
年次有給休暇は労働基準法通りに取得したとしても、最大で４０日間になります。

変形労働時間制は会社として導入すべきでしょうか。1箇月単位の変形労働を検討しています。メリット・デメリットを教えてください。

変形労働には1週間単位のものから1年単位のものやフレックスタイムがあります。
数種類の変形労働時間制の中で、多くの事業所で導入しているのが1箇月単位の変形労働時間制です。
導入に関しては就業規則に定めておけば、別途に労使協定や労働基準監督署に届出る必要がありません。メリットとしては、特定された週に週法定労働時間（原則40時間・特定44時間）を越えて、又は、特定された日に8時間を越えて労働させることがでることが揚げられます。

休日に出勤させたら全て休日出勤の割り増し賃金を支払う必要がありますか？

この場合、全てに対して割り増し賃金を支払う必要はありません。

労働基準法では毎週少なくても1回の休日を与えなければならないとしています。事業所で定めた休日に出勤させた結果、1週間に１日も休日を取得することができなくなった場合には、原則としてその出勤に対しては休日出勤として割増賃金（35％増し）を支払わなくてはなりません。

労働時間の範囲について教えてください。当社は出勤簿ではなくタイムレコーダーで管理しています。基本的にはタイムカードを基本に残業代の計算をしていますが、タイムカードの時間を全て支払わなければいけないのでしょうか？

タイムカードの時間＝労働時間ではありません。

タイムカードの時間はあくまでも労働者が会社に居た時間であり、厳密には労働時間とは異なります。

労働時間とは、労働者が使用者の命令に服し労務を提供している時間のことですので、使用者の指揮命令がない場合には労働時間は生じないことになります。つまり、労務の提供がなされていない時間は労働時間ではないので、その時間については賃金を支払う必要はありません。

残業手当について、1日8時間として月間の所定労働時間を合計して、それを経過した分を残業として計算する方法でよろしいのでしょうか。？

残業手当は、月トータルで計算することはできません。１日８時間を越えればその超過した労働時間に対して割増賃金を支払わないといけません。全て８時間以上の労働であったのであれば結果的に同じ時間の割増賃金になりますが、ある日に８時間未満の労働が発生していたとすればそうなりません。１日単位で計算するようにしてください。