春闘等でベアという言葉を耳にしますがベアとは昇給のことですか？

ベースアップ（ベア）とは、基礎となっている賃金テーブルを書き換えることをいいます。
分かりやすいように例を挙げて説明します。
係長３等級のＡさん（現在の賃金200,000円）がいたとします。Ａさんは今回の評価で係長５等級になりました。等級の上昇は１等級当たり1,500円であれば、まず、ベアが1,000円のときは、賃金テーブルが1,000円ＵＰですから自動的に係長３等級は201,000円となります。更に、3等級→5等級ですから、1,500円×2等級で3,000円上がります。この3,000円部分が昇給ということになります。Ａさんは今回ベア1,000円＋昇給3,000円で200,000円から203,000円に賃金が上昇したということになります。

基本的に、ベアを行う企業には賃金テーブルがあるはずです。もちろんベアと昇給を明確にしておけば賃金テーブルがなくても問題ありません。中小企業の場合には賃金を上げた額のトータルで昇給としているところが多いようです。
昇給の基準が能力ですかというご質問ですが、労働基準法では特に昇給の方法について明記していませんから企業によって異なります。

当社は就業規則を作成していませんが、職場放棄をしたアルバイトに対して制裁として給与から引きたいと考えています。仮に、時給800円で5時間、週に2回勤務、月に8回勤務とし、給与が32.000円とした場合いくらまで引けますか？

労働基準法では、就業規則で、労働者に減給の制裁を定める場合においては、その減給は、１回の額が平均賃金の１日分の半額を超え、総額が１賃金支払期における賃金総額の10分の１を超えてはならないとしています。
就業規則で減給の制裁につき明記しておく必要があります。就業規則を作成していない場合に減給を行うと、賃金の全額払いの原則に抵触することになります。

残業手当を付けるのは、１日８時間を超えるときですか。それとも、週で４０時間を超える分ですか？

時間外労働に対して残業手当を支払うご質問ですが、１日８時間を超えた分に対して支払い、それ以上に週労働時間が４０時間を越えた部分が多ければその越えた部分も対象になります。例えば、１週間中に８時間を越えて働かせた時間の合計が５時間で、週労働時間が４４時間であれば５時間に対して残業手当を支払うことになります。

営業社員に対して、残業代として一律の基本給以外に手当を支払っています。残業代は当社のように「みなし残業手当」とすることは問題ないでしょうか？

みなし残業手当というものは法的に存在しません。
労働基準法では「みなし労働時間」という概念は存在しますが、これは一定の要件を満たす場合に所定労働時間を労働したものとみなすというもので、所定労働時間外の時間外労働に対して適用されるものではありません。
時間外労働分は割増賃金の対象として、実際の労働時間に対して計算しなければなりません。

課長以上は残業代を支払う必要がないのであれば、課長を増やせば残業代が削減できると思うのですが、どうでしょうか？

事業所での役職の名称が課長以上の管理職と、労働基準法上の管理監督者は異なります。
労働基準法第41条には労働時間、休日及び休暇に関する規定は、次のいずれかに該当する労働者には適用しないとしています。

ボーナスを支払うことが難しい状態になってきています。ボーナスは賃金となるのでしょうか？給与が賃金だと思うのですが。

就業規則や賃金規程等に賞与を支払うことについて明記されているのであれば賃金となります。
労働基準法上の賃金は使用者が労働の対償として支払うすべてのものをいいます。名称が賞与であろうが退職金であろうがすべて賃金となります（労働保険の計算上は退職金や事業所からのお祝い金については賃金となりません）。

残業代の支払いについて質問があります。現在、30分単位で切り捨て残業代を計算しています。社員からおかしいのではとの声がでているようです。社員が直接労働基準監督署に問い合わせる前に正しい内容を会社として把握しておかなければなりません。見解をお聞かせください。

残業代の計算において、切捨て処理は違法となります。
単純に30分単位で切り捨て処理を行いますと労働基準法上違法となってします。ただし、就業規則で所定労働時間を7時間と定め、8時間労働させて場合には割増賃金の支払い義務はありません。

当社は試用期間を２ヶ月としていますが、その期間の賃金は通常の社員と違い時給計算しています。今回採用した社員が、試用期間といっても賃金に差が出るのは不公平であると言ってきました。試用期間を時給で支払うのは間違っているのでしょうか？

試用期間中の賃金に差が生じることは違法ではありません。

試用期間とは、労働者を雇用する場合に、その雇用する労働者の勤務状況等から、その者の能力や適格性を判断し、問題がなければ本採用とするために設けられた一定期間のことをいいます。その期間については法的な定めはありませんので、試用期間を設けるのであれば就業規則にて明確にしておく必要があります。

休日に出勤させたら全て休日出勤の割り増し賃金を支払う必要がありますか？

この場合、全てに対して割り増し賃金を支払う必要はありません。

労働基準法では毎週少なくても1回の休日を与えなければならないとしています。事業所で定めた休日に出勤させた結果、1週間に１日も休日を取得することができなくなった場合には、原則としてその出勤に対しては休日出勤として割増賃金（35％増し）を支払わなくてはなりません。

労働時間の範囲について教えてください。当社は出勤簿ではなくタイムレコーダーで管理しています。基本的にはタイムカードを基本に残業代の計算をしていますが、タイムカードの時間を全て支払わなければいけないのでしょうか？

タイムカードの時間＝労働時間ではありません。

タイムカードの時間はあくまでも労働者が会社に居た時間であり、厳密には労働時間とは異なります。

労働時間とは、労働者が使用者の命令に服し労務を提供している時間のことですので、使用者の指揮命令がない場合には労働時間は生じないことになります。つまり、労務の提供がなされていない時間は労働時間ではないので、その時間については賃金を支払う必要はありません。