労働時間の範囲について教えてください。当社は出勤簿ではなくタイムレコーダーで管理しています。基本的にはタイムカードを基本に残業代の計算をしていますが、タイムカードの時間を全て支払わなければいけないのでしょうか？

タイムカードの時間＝労働時間ではありません。

タイムカードの時間はあくまでも労働者が会社に居た時間であり、厳密には労働時間とは異なります。

労働時間とは、労働者が使用者の命令に服し労務を提供している時間のことですので、使用者の指揮命令がない場合には労働時間は生じないことになります。つまり、労務の提供がなされていない時間は労働時間ではないので、その時間については賃金を支払う必要はありません。

しかし、時間外勤務に使用者の命令があるか否かの判断はタイムカードのみでは判断がつきにくいものです。そこで、残業申請書等の書面で命令・報告を明確にすることを提案します。最初に、社内で残業の定義を作成してください。
例えば、『残業とは申請に基づく命令により発生し、時間外業務終了の報告により完了するもの』とします。
申請書もこの要件を満たすフォームで作成します。
次に、申請書のフローを明確にします。これらをまとめたものを紙面にて労働者側と使用者側に周知徹底させます。このようにしておけば、残業代の計算はタイムカードからではなく、申請書に記載された時刻で行うことになります。

計画性のある仕事をさせるには時間管理が重要です。