当社は試用期間を２ヶ月としていますが、その期間の賃金は通常の社員と違い時給計算しています。今回採用した社員が、試用期間といっても賃金に差が出るのは不公平であると言ってきました。試用期間を時給で支払うのは間違っているのでしょうか？

試用期間中の賃金に差が生じることは違法ではありません。

試用期間とは、労働者を雇用する場合に、その雇用する労働者の勤務状況等から、その者の能力や適格性を判断し、問題がなければ本採用とするために設けられた一定期間のことをいいます。その期間については法的な定めはありませんので、試用期間を設けるのであれば就業規則にて明確にしておく必要があります。

その期間の賃金についても、「通常の労働者と比較して・・・」という法的な規定はありませんので、試用期間中の賃金を時給にて支払ったとしても問題はありません。
但し、その計算方法や賃金体系等に一般社員と異なる場合には、その内容を就業規則や賃金規程で明確に記載しておきましょう。
社内のルールとして明確になっていれば労使間のトラブルも発生しにくくなります。特に、賃金に関しては具体的、かつ、詳細にしておくべきです。