就業規則は会社にとって不利になるように感じています。会社が不利にならないような就業規則の作り方があるのでしょうか？

就業規則は事業所、労働者どちらにとって有用なものであるとはいえません。
就業規則の作成は労働基準法で定められているものです。
労働基準法は本来労働者保護を目的としてできたものですので、就業規則についても労働者のために作成するものと考えがちです。確かに労働者保護の要素は強いと思います。

しかし、使用者の使用者責任の観点からは就業規則は重要なものとなってきます。
労働基準法の中には原則はこうであるが就業規則に明記している場合には例外的扱いとすることができる、という項目があります。
この項目は労働時間や賃金に関することが多いのが特徴です。
この代表例が「1ヶ月単位の変形労働時間制」「やみなし労働時間制」です。
就業規則がないと労使間でトラブルが発生した場合には労働基準法の原則部分で違法性の判断がされてしまうことになりかねません。

新規に就業規則を作成するのであれば、軽視せずに事業所全体で取り組むべきです。