営業社員に対して、残業代として一律の基本給以外に手当を支払っています。残業代は当社のように「みなし残業手当」とすることは問題ないでしょうか？

みなし残業手当というものは法的に存在しません。
労働基準法では「みなし労働時間」という概念は存在しますが、これは一定の要件を満たす場合に所定労働時間を労働したものとみなすというもので、所定労働時間外の時間外労働に対して適用されるものではありません。
時間外労働分は割増賃金の対象として、実際の労働時間に対して計算しなければなりません。

早急に現行の「みなし残業手当」を廃止しすべきでしょう。廃止しておかないと割増賃金の基本となる額として、このみなし賃金手当を加えた額で計算しなければならなくなってしまう可能性がでてきます。
残業分として支払っている手当のつもりが、二重に支払う結果となってしまうことになりかねません。
残業に対する正しい見解を説明し、残業実績に対して割増賃金を支払うようにしてください。

残業申請書等の作成及び運用方法を書面にて明確にして計画性のある時間管理を行ってください。