労働基準法では、損害賠償予定の禁止がありますが、当社では、従業員に会社所有の備品を無償にて貸し出しています。現在、従業員と紛失時には、弁償の約束がありますが、これは、労働基準法で損害賠償予定の禁止に該当するのでしょうか？

労働基準法の損害賠償予定の禁止についてですが、これは、金額を”予定”することを禁止するものであって、現実に生じた損害について賠償を請求することを禁止する趣旨ではありません。従って、貸し出した備品の返却がなく、会社に損害を与えた場合に請求することは法律違反とはなりません。

今後の対策として、このようなことを防ぐためにも、アルバイトであったとしても、誓約書にその旨（約束事）を明記してサイン（印鑑）をとっておくとよいでしょう。
面倒でも書面に残しておくことが会社を守るのです。
労働基準監督署も書面で明確にしていたか否かで判断するケースが多いです。