退職金の制度を見直したいのですが、留意点を教えてください。

労使間合意が最大のポイントとなります。

退職金制度見直しのご質問ですが、おそらく退職金の減額を行うことですね。
退職金も就業規則や退職金規程で明確にしている場合には労働基準法上の賃金になりますので、減額の変更は労働者の不利益変更となってしまいます。したがって、労使間の合意を行っていかなければなりません。

これがこじれますと退職者の続出、社内の労働意欲の減少等と事業所にとってマイナス要因が発生してしまうことになりかねまねません。単純な減額よりも、新退職金制度に変更する等の手段をとってみてはいかがでしょうか。現行の退職金制度からポイント制退職金制度へ変更するケースは多いようです。しかし、ポイント制退職金制度は事業所内に人事評価制度が構築されていないとその導入は難しいため、移行しやすい事業所とそうでない事業所に分かれてしまいます。
平成24年3月に廃止される税制適格企業年金の移行先を検討しているのであれば、中小企業退職金共済か民間会社の401Kプランの選択となるでしょう。現状の税制適格企業年金の解散をも視野に入れて、早急に現状の分析から（積立金不足の把握）はじめるようにしてください。