最近みなし残業のワードでの検索が増えてきました。
どの企業でも、残業問題は深刻なのでしょう。

営業社員に対して、残業代として一律の基本給以外に手当を支払っています。残業代は当社のように「みなし残業手当」とすることは問題ないでしょうか？

みなし残業手当というものは法的に存在しません。
労働基準法では「みなし労働時間」という概念は存在しますが、これは一定の要件を満たす場合に所定労働時間を労働したものとみなすというもので、所定労働時間外の時間外労働に対して適用されるものではありません。
時間外労働分は割増賃金の対象として、実際の労働時間に対して計算しなければなりません。