退職金制度を廃止して全て年俸制にしたいと考えていますが、問題はありますか？

退職金を含めた総支払賃金額が変わらないのであれば、退職金の額の社会保険料（経費）が増えることになります。
以前よく見られた退職金を前倒しで毎月の賃金に反映させる制度や、年俸に退職金を含めた制度は、将来集中する支出（退職金）を避けるために、あるいは終身雇用の崩壊とともに大企業を中心に旧退職金制度の変更が行われてきました。