残業手当を付けるのは、１日８時間を超えるときですか。それとも、週で４０時間を超える分ですか？

時間外労働に対して残業手当を支払うご質問ですが、１日８時間を超えた分に対して支払い、それ以上に週労働時間が４０時間を越えた部分が多ければその越えた部分も対象になります。例えば、１週間中に８時間を越えて働かせた時間の合計が５時間で、週労働時間が４４時間であれば５時間に対して残業手当を支払うことになります。

労働基準法では、みなし労働時間制というものがあります。
これは、1人で社外営業活動をする場合等、会社が労働時間を算定することが困難な場合に○時間労働したものと“みなす”とするものです。

休日に出勤させたら全て休日出勤の割り増し賃金を支払う必要がありますか？

この場合、全てに対して割り増し賃金を支払う必要はありません。

労働基準法では毎週少なくても1回の休日を与えなければならないとしています。事業所で定めた休日に出勤させた結果、1週間に１日も休日を取得することができなくなった場合には、原則としてその出勤に対しては休日出勤として割増賃金（35％増し）を支払わなくてはなりません。

労働時間の範囲について教えてください。当社は出勤簿ではなくタイムレコーダーで管理しています。基本的にはタイムカードを基本に残業代の計算をしていますが、タイムカードの時間を全て支払わなければいけないのでしょうか？

タイムカードの時間＝労働時間ではありません。

タイムカードの時間はあくまでも労働者が会社に居た時間であり、厳密には労働時間とは異なります。

労働時間とは、労働者が使用者の命令に服し労務を提供している時間のことですので、使用者の指揮命令がない場合には労働時間は生じないことになります。つまり、労務の提供がなされていない時間は労働時間ではないので、その時間については賃金を支払う必要はありません。