１箇月の変形労働時間制を採用した場合の残業についてはどうのうに解釈すればよいのでしょうか？

１箇月単位の変形労働時間制を採用した場合に時間外労働となるのは次の時間です。

①１日については、労使協定又は就業規則で８時間を越える時間を越える時間を定めた日はその時間。考　え方は、定めた日を１０時間労働とした場合、１１時間の労働になったときは１時間の時間外労働となるということです。尚、定めた日以外は１日８時間を越えて労働した時間となります。

課長以上は残業代を支払う必要がないのであれば、課長を増やせば残業代が削減できると思うのですが、どうでしょうか？

事業所での役職の名称が課長以上の管理職と、労働基準法上の管理監督者は異なります。
労働基準法第41条には労働時間、休日及び休暇に関する規定は、次のいずれかに該当する労働者には適用しないとしています。

残業代の支払いについて質問があります。現在、30分単位で切り捨て残業代を計算しています。社員からおかしいのではとの声がでているようです。社員が直接労働基準監督署に問い合わせる前に正しい内容を会社として把握しておかなければなりません。見解をお聞かせください。

残業代の計算において、切捨て処理は違法となります。
単純に30分単位で切り捨て処理を行いますと労働基準法上違法となってします。ただし、就業規則で所定労働時間を7時間と定め、8時間労働させて場合には割増賃金の支払い義務はありません。

残業手当について、1日8時間として月間の所定労働時間を合計して、それを経過した分を残業として計算する方法でよろしいのでしょうか。？

残業手当は、月トータルで計算することはできません。１日８時間を越えればその超過した労働時間に対して割増賃金を支払わないといけません。全て８時間以上の労働であったのであれば結果的に同じ時間の割増賃金になりますが、ある日に８時間未満の労働が発生していたとすればそうなりません。１日単位で計算するようにしてください。